La Empresa Laboratorio será dirigida por el Consejo de Administración, Junta Directiva o Dirección acorde al tipo de sociedad conformada y disposiciones legales de Colombia. Se elegirá en Asamblea General de estudiantes socios, pudiendo delegar autoridad de los distintas actividades económicas o servicios que administra la empresa, en manos de los estudiantes socios en Practica Empresarial o como la situación real en Estatutos lo aconseje.

En un comienzo, las decisiones de la Alta Dirección serán compartidas con la Entidad Promotora, a través del Comité de Currículo de la Escuela de Administración de Empresas.

Como empresa real podrá recibir asesoría de los profesores y practicantes. Además, el Gerente General podrán emitir concepto de los practicantes en Práctica Empresarial.